El proyecto ha generado críticas, sobre todo, por el alcalde de Guayaquil, Jaime Nebot, quien ha objetado el modelo de distribución de rentas que se plantean en este Código. Sin embargo, el presidente de la Comisión, Virgilio Hernández, ha defendido el contenido de esta iniciativa, señalando que establece cambios trascendentales en lo que es la descentralización del país, la creación de regiones.